Ab den 1950er-Jahren führten regionale Vereine der reformierten Kirche und der katholischen Kirche Eheberatungsstellen. In den 1970er-Jahren vereinigten die beiden Kirchen die Beratungsstellen zu einem ökumenischen Beratungsangebot. Die gesellschaftlichen Entwicklungen mit ihren veränderten Beziehungsformen und steigenden Scheidungszahlen stellten Familie und Partnerschaft vor neue Herausforderungen. Seither steht das Beratungsangebot allen Ratsuchenden unabhängig von Konfession und religiöser Herkunft offen. Für Paare in Trennung und Scheidung wurde die Begleitung im Rahmen eines Mediationsprozesses etabliert.
Im Jahr 1985 stimmte die Schweizer Bevölkerung dem neuen Eherecht zu. Gemäss Art. 171 ZGB hatten nun die Kantone dafür zu sorgen, dass sich die Ehegatten bei Eheschwierigkeiten gemeinsam oder einzeln an Ehe- oder Familienberatungsstellen wenden können. Die Zürcher Regierung kam 1988 zum Schluss, dass die reformierte und katholische Kirche mit ihrem Beratungsangebot eine staatliche Aufgabe erfüllt. Deshalb unterstützt der Kanton Zürich Paarberatung im Kanton Zürich. Da diese Subventionen nicht genügen, um die auf Basis der finanziellen Verhältnisse ermässigten Beratungskosten für Ratsuchende zu decken, steuern die Landeskirchen weiterhin den grössten Beitrag dazu bei.
Um die Jahrtausendwende wurde bei den nicht mehr zeitgemässen Strukturen der Reformbedarf immer deutlicher. Nach mehreren Anläufen wurde die Paarberatung schliesslich im Jahr 2015 mit einer kantonalen Trägerschaft für die dezentralen Beratungsstellen reorganisiert. Dazu bildeten die beiden Kirchen den «Ökumenischen Verein Paarberatung und Mediation im Kanton Zürich» und errichteten eine zentrale Geschäftsstelle. Die Angebote, die Bedingungen sowie die Tarife konnten vereinheitlicht werden, ebenso die Erreichbarkeit der Beratungsstellen sowie der öffentliche Auftritt. Die neue kantonsweite Organisation nahm ihre Geschäftstätigkeit im Januar 2016 auf.
Im Mai 2022 wurde eine neue, die zehnte Beratungsstelle in Dietikon eröffnet. In diesem erst 1989 entstandenen Bezirk, dessen Gemeinden vorher zum Bezirk Zürich gehörten, gab es historisch noch keine Vorgänger-Organisation für Paarberatung.
2025 wurde der Name der Organisation aus strategischen Gründen in «Paarberatung im Kanton Zürich» geändert, um in der Öffentlichkeit mehr Klarheit zu schaffen über das Hauptziel unseres Angebots, Paare bei Problemen möglichst früh zu erreichen und ihnen lebensnahe, niederschwellige Unterstützung anzubieten. Die Begleitung von Trennungs- und Scheidungsprozessen blieb dabei unverändert Teil unseres Angebots.